Die Gründung des Dorfes vollzog sich vermutlich im 12./13. Jahrhundert, als fränkische Bauern im Zuge der Ostexpansion deutscher Feudalherren unser Gebiet besiedelten. Erste Erwähnung fand es 1445 als Sawpirstorff, 1446 als Supensdorff, 1447 als Supirstorff, 1488 als Sawpersdorff und schließlich 1526 als Saupsdorff. Saupsdorf gehörte zum Königreich Böhmen. Die Bauern leisteten Abgaben und Frondienste an das böhmische Adelsgeschlecht der Berka von der Duba. Erst im Jahr 1451 ging der Ort in sächsischen Besitz über.
Im Jahr 1816 sind laut Postlexikon 88 Häuser und 612 Einwohner nachweisbar. 1834 sind es schon 710 und 1871 - 855 Einwohner. Die höchste Bevölkerungszahl erreichte Saupsdorf im Jahr 1946 mit 1062 Einwohnern. Diese ging dann rasch zurück, so waren es 1964 noch 800 Einwohner und 1990 noch 635. Heute hat Saupsdorf noch etwa 550 Einwohner.
In und um den Ort waren zahlreiche Mühlen, zur Holz- und Futtermittelverarbeitung in Betrieb. So zum Beispiel die Gnauckmühle (früher Rölligmühle), die Räumichtmühle (heute Gasthaus), die Richtermühle, die Rölligmühle und die Waldmühle.
Auch in Saupsdorf wurden, nach Verkündung der Gewerbefreiheit im Jahre 1861 zahlreiche Handwerker ansässig. Unter Anderem ein Schmied, ein Schuster und ein Schneider.
Heute gehört Saupsdorf zur Gemeinde Kirnitzschtal.
Über den Ort gibt es noch viel geschichtliches zu erzählen, einiges wurde bisher auch in einer kleine Broschüre "Zwischen Wachberg und Kirnitzschtal" veröffentlicht. Diese kleine Ortsgeschichte von Saupsdorf ist im Gemeindezentrum erhältlich.